Gamtosauginių mokyklų programa orientuoja švietimo įstaigas į praktinę gamtosauginę veiklą, skatina įstaigų bendruomenių aktyvumą, ugdo vaikų kūrybiškumą.
Programos nauda: aplinkosauginių žinių augimas, vietinės bendruomenės įtraukimas, vandens bei energijos vartojimo mažinimas, tarptautinių ryšių užmezgimas ir t.t. Programos dalyviai, įvykdę Aplinkosauginio švietimo fondo keliamus reikalavimus apdovanojami Žaliąja vėliava. Šis apdovanojimas, kaip ir kiti FEE apdovanojimai, suteikiamas vieneriems metams.
Įstaiga norinti dalyvauti Gamtosauginiu mokyklų programoje privalo pateikti Lietuvos žaliųjų judėjimui prašymą dėl dalyvavimo programoje. Prašymo pateikimas dar negarantuoja įstaigai teisės dalyvauti Gamtosauginiu mokyklų programoje. Tik gavusi oficialų patvirtinimo raštą iš LŽJ, švietimo įstaiga tampa Gamtosauginių mokyklų programos dalyve; įstaigoms taikomas metinis programos dalyvio mokestis.